Najwyższą cześć Kościół Polskokatolicki oddaje Bogu w Trójcy Świętej Jedynemu, Ojcu, Synowi i Duchowi Świętemu. Centralnym elementem kultu oddawanemu Bogu jest Msza Święta - Najświętsza Ofiara, która jest uobecnieniem zbawczej Ofiary Chrystusa. Komunia św. w zasadzie jest udzielana pod dwiema postaciami: Ciała i Krwi Pańskiej. W okresie Wielkiego Postu odprawiana jest Droga Krzyżowa i Gorzkie Żale.

Kult Maryjny w życiu religijnym i liturgicznym Kościoła Polskokatolickiego zajmuje ważne miejsce zgodnie z Tradycją Kościoła Powszechnego i tradycją polską. Mimo iż Kościół Polskokatolicki, zgodnie ze swoją doktryną starokatolicką nie przyjmuje dogmatu o Niepokalanym Poczęciu i Wniebowzięciu Najświętszej Maryi Panny, jednak zawsze w swojej historii oddawał i oddaje cześć Maryi. Szczególną czcią darzona jest Matka Boska Nieustającej Pomocy, do której nowenna jest odprawiana w każdą środę, Jej obrazy znajdują się niemal w każdej świątyni polskokatolickiej. Odprawiane są również inne nabożeństwa do Matki Bożej - majowe, różańcowe, godzinki. Unika tylko przesady, zwłaszcza w kulcie cudownych obrazów, tak by nie przysłonić tym czci należnej Bogu Jezusowi Chrystusowi.

Kościół Polskokatolicki oddaje cześć także aniołom, apostołom, męczennikom i świętym. W kulcie świętych zachowuje się jednak właściwy umiar i powagę, a opierając się na prawdach wiary w Świętych obcowanie, Kościół uznaje ich za specjalnych pośredników między ludem a Bogiem.

Kościół zniósł celibat, dając w ten sposób możliwość założenia rodziny przez każdego księdza, jest to zgodne z nauką Apostołów i Tradycją Kościoła (do 1073).

Obok spowiedzi w konfesjonale, która obowiązuje dzieci do lat 18.,a pozostałych wiernych na życzenie - Kościół przyjął powszechną spowiedź sakramentalną, w której to wierny w myśli wyznaje swoje grzechy Bogu, po odpowiednim przygotowaniu przez kapłana.

Nie uznajemy dogmatu o nieomylności papieża, ponieważ nie ma to uzasadnienia w Piśmie św., uznajemy prymat honorowy papieża i zasadę "primus inter pares", czyli pierwszy wśród równych sobie.

Liturgia Kościoła Polskokatolickiego (zawsze sprawowana w języku polskim) jest zbliżona do liturgii Kościoła Rzymskokatolickiego.

Kościół Polskokatolicki nie odmawia posług religijnych: chrztu dziecka, dorosłych, ani prowadzenia pogrzebu także wyznawcom innych Kościołów chrześcijańskich bez deklaracji przystąpienia do parafii.

Kościół ma ustrój synodalny, stąd większy udział świeckich w życiu Kościoła, którzy uczestniczą m. in. przy wyborze biskupa.

Najwyższą władzą Kościoła jest Synod Ogólnopolski (duchowni i świeccy), wybierający biskupów i zwierzchnika. Dzieli się na diecezje (warszawską, wrocławską i krakowsko-częstochowską), dekanaty i parafie.